.jpg)
.jpg)
.jpg)
.jpg)
简介
BreakDancer是一个C++软件包，可提供下一代配对末端测序读取的全基因组结构变异检测。它包括两个补充程序，BreakDancerMax预测五种类型的结构变异；BreakDancerMini专注于使用正态映射的读取对检测小插入缺失。
配置流程
1.配置编译环境
1）安装相关依赖。
yum install wget git cmake make zlib-devel ncurses ncurses-devel bzip2 gcc-y
2）安装gcc8.3。
请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpengcpl/gcc_01_0001.html安装。
2.获取源码
获取“breakdancer”源码包。
cd/usr/local/src
git clone--recursive https://github.com/genome/breakdancer.git
3.编译和安装
1）创建build目录。
cd breakdancer
mkdir build&&cd build
2）创建Makefile文件。
cmake..-DCMAKE_BUILD_TYPE=release-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/breakdancer
3）编译安装。
make-j4&&make install
4.运行和验证
查看可执行程序帮助信息。
/usr/local/breakdancer/bin/breakdancer-max--help
当系统回显类似如下信息时，表示BreakDancer安装成功执行成功。
breakdancer-max version 1.4.5-unstable-66-4e44b43-dirty(comit 4e44b43-dirty)
usage:breakdancer-max<analysis.config>
Options:
-o STRING operate on a single chromesome[all chromosome]
-s INT minimum length of a region[7]
......
