BWA是什么意思
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BWA是用于将低分叉序列比对到大的参考基因组比如人基因组的软件包。BWA主要是由三种算法组成：BWA-backtrack、BWA-SW和BWA-MEM。第一个算法是针对于illumina测序reads最多100bp的算法。后面两个主要是针对于从70bp到1Mbp的更长序列。BWA-SW和BWA-MEM拥有一些相同的特征例如长reads支持和序列分开模式。但是相对而言，更加推荐BWA-MEM，可以更快和更准确在更高质量的序列上比对。BWA-MEM相比较BWA-backtrack在70-100bp illumina reads上有更好的性能。。它由三个不同的算法：
BWA-backtrack:是用来比对Illumina的序列的，reads长度最长能到100bp。-
BWA-SW:用于比对long-read，支持的长度为70bp-1Mbp；同时支持剪接性比对。
BWA-MEM:推荐使用的算法，支持较长的read长度，同时支持剪接性比对（split alignments)，但是BWA-MEM是更新的算法，也更快，更准确，且BWA-MEM对于70bp-100bp的Illumina数据来说，效果也更好些。
对于上述三种算法，首先需要使用索引命令构建参考基因组的索引，用于后面的比对。所以，使用BWA整个比对过程主要分为两步，第一步建索引，第二步使用BWA MEM进行比对。
bwa的使用需要两中输入文件：
Reference genome data（fasta格式.fa,.fasta,.fna）
Short reads data(fastaq格式.fastaq,.fq)
